В структуру АНОО «Лицей ЭКНК» входят школьное и дошкольное отделения. Кроме того, имеется бухгалтерия, хозяйственная служба, пищеблок, медицинская служба. Все подразделения находятся в здании лицея.
Руководители структурных подразделений АНОО «Лицей ЭКНК»:
Директор лицея — Шпакина Ирина Гидальевна, кандидат педагогических наук, доцент, отличник просвещения РФ, Заслуженный работник образования Омской области;
Главный бухгалтер – Стрекалина Лариса Анатольевна;
Заместитель директора по учебно-воспитательной работе школьного отделения – Соколова Наталья Ивановна, награждена Почетной грамотой Министерства образования Российской Федерации;
Заместитель директора по воспитательной работе школьного отделения – Щербак Оксана Павловна, магистр педагогики;
Заместитель директора по административно-хозяйственной работе – Захарова Елена Валерьевна;
Старший воспитатель дошкольного отделения — Ренёва Ирина Юрьевна, магистр педагогики;
Заведующий производством пищеблока – Загорулько Светлана Борисовна;
Медицинская сестра – Ефремова Ирина Анатольевна.
У лицея имеется единая электронная почта.